社区协议共享随着covid - 19的发展而发展

社区——在像covid - 19这样的大流行影响全世界的时候,没有什么词比这个更有意义了。这是考虑到社区的概念nextstrain.org1建成。Nextstrain旨在提供多种病原体遗传数据的实时信息,如导致covid - 19的SARS-CoV-2病毒。

Nextstrain专注于分享来自科学研究的开源数据集,即通过分析与收集地点相关的感染源样本获得的测序数据。追踪发现病毒的位置及其序列差异,使科学家能够更多地了解病毒进化的速度,是否有新的突变,确定病毒的传播方式,并全面实施监测。这对于预测病毒将如何继续进化以及我们如何进一步防止其传播非常重要。

Nextstrain的数据可以广泛使用,并使用简化的交互式界面。世界上任何有互联网连接的人都可以访问数据,这对社区科学家、病毒学家、流行病学家和公共卫生官员来说尤其重要。

在幕后,科学家们一直在不知疲倦地工作,对任何病毒病例进行测序,以便为公共卫生决策人员提供测序信息。另一个基于社区的在线平台,艺术网络2,帮助组织已建立的测序方法。它提供了易于访问的测序协议,可以节省宝贵的时间,不需要通过挖掘大量的文章来获得逐步的方法。

为了提供更现代的体验,团队已经转向了协议等共享平台。IO为研究人员提供了一个查看、提问、讨论和评论协议的网站。这允许有效的修订和升级,因此所有用户都可以使用用户优化的方法有效地获得高质量的结果。

例如,在nCoV-2019测序方案3.伯明翰大学的乔希·奎克(Josh Quick)分享了MinIon的测序协议音序器。在这个页面上,科学家社区可以记录协议是否适用于他们的实验室,可以收藏协议以跟踪任何更新,可以提出问题,并阅读其他研究人员发布的评论和答案。

乔什·奎克的方案利用了快速-RNA病毒试剂盒,能够从多种样本类型(棉签、唾液、血液等)中纯化RNA。此外,该试剂盒可以有效纯化低病毒丰度的样品,并产生超纯RNA,这提高了直接用于下游应用的敏感性,如RT-PCR和下一代测序的文库准备。

在我们都被要求保持社交距离的时代,社区意识变得越来越重要。在COVID-19大流行等迫切需要的时期,我们将继续在平台上参与分享方案、想法、问答,为全世界的科学家提供帮助。

了解更多有关快速-RNA病毒试剂盒

了解更多
引用:
  1. James Hadfield, Colin Megill, Sidney M Bell, John Huddleston, Barney Potter, Charlton Callender, Pavel Sagulenko, Trevor Bedford, Richard A Neher, Nextstrain:病原体进化的实时跟踪,生物信息学, 2018年12月1日,第34卷,第23期,第4121-4123页,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty407
  2. https://artic.network/
  3. 乔什·奎克(2020)。nCoV-2019测序方案(单样本)。protocols.iodx.doi.org/10.17504/protocols.io.bdbfi2jn
Baidu
map