拿到整个画面
总微生物细胞量化?绝对地!
在过去十年中,Metagenomics的领域通过跨越式和界限进行了进展,并且近期通过近期采用微生物学级样品收集和无偏核酸纯化技术。德赢体育平台游戏平台在该领域的研究依赖于发现样品之间的相对丰富的微生物的差异。
然而,了解相对丰度只是微生物瘤的复杂性的一个方面。例如,如果治疗不改变相对丰度,则何时何地改变总微生物负荷?微生物组的这种变化将用传统方法灭绝。或者,可以对一个物种的增加,但没有额外的计算可以增加丰度,如果换档是由于该物种的细胞计数的绝对增加或其他人的细胞数减少,则不可能推断出来[1]。因此,在样品中对细胞数进行绝对定量的能力对微生物学和偏心组学具有很大的价值。考虑到这一点,Zymo Research现在已经瞄准了简化绝对电池量化。这ZyMoomics Spike-in控制通过下一步测序微生物分析技术使得绝对细胞数进行测量,例如16S rRNA测序和霰弹枪代理测序。
兴趣的飙升
通过在已知数量的微生物细胞中掺入样品中,通过将基于NGS的微生物分析(图1)进行,并基于已知细胞的输出进行计算来实现绝对细胞数定量。
![尖峰控制的过程](https://files.zymoresearch.com/images/getting-the-whole-picture-2.png)
ZyMoomics Spike-in控制中的微生物可与常见物种区分开,因为它们仅在非常具体和独特的环境中找到。Imtechella Halotolerans.(克消极)和AlloObacillus Halotolerans.(革兰氏阳性)耐受高盐环境(Halotolerant),通常仅在咸水中发现。这些外来物种以已知量(表1)的样品掺入,然后可以去除生物信息,得到原始物种曲线(图2)。
![尖峰控制微生物](https://files.zymoresearch.com/images/getting-the-whole-picture-3.png)
![外星人对人类微生物胺样品](https://files.zymoresearch.com/images/getting-the-whole-picture-4.png)
使量化大量清晰
当执行16S测序时,基于每穗微生物细胞的16S拷贝的数量和每个未知细胞的平均16s拷贝的计算来进行计算。例如,为了计算基于I. Halotolerans的16S拷贝的总细胞,可以使用以下公式:
![10毫克的细胞总数](https://files.zymoresearch.com/images/getting-the-whole-picture-5.png)
![Spike-In对照I掺入100μl](https://files.zymoresearch.com/images/getting-the-whole-picture-6.png)
![用ZyMoomics进行DNA提取物](https://files.zymoresearch.com/images/getting-the-whole-picture-7.png)
绝对需要微生物组研究
Microbiome Profiling的普及促使许多实验室在各种样品和治疗中寻找微生物差异,但由于缺乏相对丰富之间的变化,通常不会出版。因此,正在调用标准化的解决方案[2,3],并且微生物学的领域再次准备通过采用绝对细胞定量来进一步进展。
这种全部图像微生物分析是均方面的另一台阶段,用于偏心组织,照亮朝向最准确的微生物分析的路径,也许是一天的个性化微生物组的药物。ZymoOmioMics™峰值控制的独特微生物组成允许它掺入几乎任何微生物组样品中,使研究人员能够量化样品的总微生物载荷。这增加了微生物组分析的新分析尺寸,可能揭示了以前基于丰度的分析预先未检测到的显着样本差异。
参考:
1.Stämmlerf等。调整微生物组型材,用于穗状体细菌的微生物负荷差异。Microbiome 2016,4(1):28
2. Jones MB,等。图书馆制备方法可以影响人微生物组研究中的基因组和功能预测。PNAS 2015,112(45)14024-14029
3. SINHA R,ABNET CC,WHITE O,KNIGHT R,HUTTENHOWER C. MICRIBIOME质量控制项目:基线研究设计和未来方向。基因组生物学2015,16(276)