给手机有一个全新的含义

没有比手机更普遍和个人的项目。它们是外界的门户,看似无尽的效用。我们一直在向他们戳,对他们说话并抱着他们,以至于它们本质上已成为我们身体的延伸。但是,当涉及手机的微生物组时,这个比喻可能是字面意义的。

Zymo Research的科学家很好奇地找出可能居住在电话上的微生物,以及地理如何影响某些类型的丰度。在Zymo Research的全球发行商会议上,每个与会者都擦拭了他们的手机,以帮助比较全球各地的这些微生物。

方法

收集样品并使用整个Zymobiomics™工作流程从样本收集到结论进行处理。德赢体育平台游戏平台使用来自各个国家的人的手机收集拭子样品,使用DNA/RNA Shield™收集管与拭子(Zymo Research,R1106)。在-80°C长期存储之前,在室温下运输管。存储后,使用每个样品从每个样品中提取DNAZymobiomics™DNA MicroPREP试剂盒(D4301)根据协议。

DNA提取后,使用使用该细菌16S rRNA核糖体RNA基因的V3-4区域产生测序文库Quick-16S™NGS图书馆准备套件(D6400)及其V3-4特异性底漆集。然后对扩增子库进行量化并共同进行标准化。最后,在Illumina®Miseq®上使用Miseq®试剂盒V3(600个周期)在Illumina®Miseq®上使用15%的PHIX对照库进行了合并库的测序。

手机中鉴定出的细菌物种

结果

在56种样本中,从世界各地的人的手机中收集的56个样本中,细菌物种及其相对丰度差异很大(图1)。但是,在测试的每个手机样本中都发现了三种细菌:痤疮丙酸杆菌,,,,葡萄球菌表皮,和单一的属杆菌

另外,该属的单一物种Corynebacterium在每个样品中都发现了,除了加拿大起源于加拿大的一把拭子。这四个物种都与正常的人类皮肤菌群有关。此外,确定了13个不同的属(图2),尽管各大洲的属相似,但它们的相对丰度显着差异。例如:

  • 细菌Corynebacterium在非洲和南美的样品中类似的样本中被发现;来自亚洲和欧洲的样本中也看到了同样的趋势。
  • 细菌的平均相对丰度丙酸杆菌来自非洲的样本比任何其他大陆都要小得多。
  • 两者的平均细菌平均丰度更高副菌杆菌亚洲和欧洲的属比其他任何大陆。
  • 居住在北美的人的样本是该属的细菌相对丰度假单胞菌
鉴定出13个选定细菌属的平均相对丰度

除了在相对丰度中发现的相似性和差异外,几个特定微生物的识别还带来了一些有趣的发现。例如,唯一来自该属的孤立物种同叶,首先是从人类中耳液中分离出来的,最初被认为是一种致病生物。

如今,新的研究表明,它可能是人类微生物中的共生生物。有趣的是,这种生物是在居住在北美国家和南美国家的人手机的大多数样品中发现的。但是,仅在欧洲国家的一半样本中发现了它,并且在澳大利亚,非洲和亚洲的大多数样本中都没有(图3)。

这些结果表明,该物种在居住在西半球的国家的正常菌群中更为普遍,它们可能证实了它是共生物种而不是致病性的发现。

吃啥变啥

令人惊讶的是,除了发现与人类菌群通常相关的各种细菌外,一些生物也脱颖而出。细菌Corynebacterium在处理的11个拭子样品中确定了变量,并且假单胞菌在处理的七个样品中鉴定出Fragi。C. variabile与涂片成熟奶酪的菌群有关,并且在乳制品和肉类产品中经常被发现作为腐败细菌。德赢vwin体育官方网址当这些用户从手机中收集这些拭子样品时,这些用户刚刚消耗了肉类和奶酪开胃菜,并无意中将食物上的细菌转移到了手机上。

微生物群落中的许多相似之处和差异从地球远处的手机上发现。由于近乎恒定的手机使用已经在全球几乎变得普遍存在,因此有些人可能开始将手机的微生物组视为人体微生物的另一个组成部分。进一步迈出一步,看到基于微生物组的药物的未来包括手机的缩微群体作为指标甚至人类健康的主要因素,这是不可想象的。

参考:
1.戴维斯CP。普通植物。在:Baron S,编辑。医学微生物学。第四版。加尔维斯顿(德克萨斯州):德克萨斯大学医学分支机构;1996年。第6章。可从:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/nbk7617/
2. Tano,Krister等。“耳动球菌 - 耳炎培养基病原体还是正常细菌菌群?”APMIS 116(2008):785-90。网络。2017年2月16日。

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