如何获得高质量的DNA进行ChIP测序

染色质免疫沉淀随后测序，也称为ChIP-Seq，是一种被广泛接受的表观遗传学方法，用于研究全基因组范围内的蛋白质- dna相互作用。通过ChIP方案，使用特定抗体免疫沉淀DNA结合蛋白，去交联，并纯化ChIP DNA，然后可以扩增以获得足够的材料进行NGS(下一代测序)。这一过程通常用于学术环境，以提供洞察基因调控及其在各种疾病和生物途径中的作用。虽然ChIP- seq在药物筛选和基础研究中的应用越来越广泛，但在复杂的ChIP协议中仍有一些必须克服的困难。其中之一是获得干净和高质量的免疫沉淀dna，以便在下游过程中成功，如PCR扩增或NGS文库生成。

使用ChIP-Seq的优点

ChIP-Seq数据提供的最大优势是一种不需要先验知识的无偏倚方法来研究表观遗传学。它是对表观遗传模式的精确研究，如组蛋白修饰或染色质调节蛋白，这些都是通过跨多个样本的全基因组分析的药物靶点。但是，获得如此有价值的数据的能力取决于恢复高质量和浓缩的ChIP DNA。

为什么需要干净浓缩的ChIP DNA

ChIP- seq最成功的测序结果需要回收高质量的ChIP DNA。用于ChIP DNA样本的传统(自制)DNA纯化方法可能很复杂，因为使用苯酚/氯仿和乙醇沉淀等试剂会导致有机残留和共沉淀。这种残留物质可以在下游的酶步骤中被抑制，并导致NGS库偏置。一些商业化的DNA净化方法很难从去交联的样本中回收少量的DNA。典型的ChIP实验旨在产生纳克范围内的免疫沉淀DNA，但通常很难获得超过1纳克的纯化DNA。重要的是，少量纯化的ChIP DNA材料是高质量的，因为对于文库准备步骤，建议ChIP DNA输入范围为1-10 ng。

用于ChIP-Seq的高质量DNA的顶级提示

ChIP- seq获得高质量下拉DNA的两个主要因素是使用有效的DNA清理方法和小容量浓缩ChIP DNA的能力。正如Zhong等人在实验中所看到的，高质量DNA的关键步骤是样品的纯化，这应该发生在去交联之后。市场上有许多纯化试剂可供选择，但其中许多试剂会大大降低整体DNA产量。重要的是要找到一种纯化试剂盒，也可以维持已经很小的ChIP分析产量。除了保持样品产量外，该纯化步骤还需要确保在下游应用中没有试剂干扰，例如文库准备期间的结扎或扩增。确保文库扩增成功的另一个关键步骤是浓缩纯化的DNA。样品去交联后，生成文库的起始材料会被稀释，甚至有些样品的体积太大，无法在一次实验中放大。

通过使用ChIP DNA清理试剂盒获得干净和浓缩的样品，该试剂盒经过优化，可从染色质中回收低量的DNA，并且不会留下影响文库准备的残留物。符合这些标准的最有效的试剂盒之一是来自Zymo Research的ChIP DNA清洗和浓缩器．它与ChIP DNA结合缓冲液特别配制，在经常用于ChIP的洗涤剂、抗体和蛋白酶的存在下，促进DNA吸收到柱中。与传统的苯酚/氯仿和乙醇沉淀方法不同，这种基于柱的工具包配备了随时可用的缓冲液，并允许更容易和更有效的工作流程。因为它易于使用，这个工具包是完美的，如果它是你第一次做ChIP-Seq，也受到经验丰富的研究人员的信任。