提高实验室微生物组数据的可重复性
过去十年中微生物组研究的激增产生了大量有待探索的数据。但是,一个最近的社论在自然界中微生物学1重点关注阻碍微生物组数据共享和比较的障碍。
一个主要的障碍来自于使用不同的方法和工具所造成的差异。作者写道:“提取方法、技术和用于处理相似样本的分析管道的范围使研究之间的比较变得异常困难。”
基于NGS的微生物组工作流程包括多个步骤，包括样本收集、DNA提取、文库制备、NGS测序和生物信息学分析，每种方法或研究工具的性能都有显著差德赢体育平台游戏平台异，这可能会引入大量的偏差和误差。
两个研究报告了类似的问题:微生物组质量控制项目(MBQC)3.发现“研究很难在调查和出版物中重现”4《自然微生物学》杂志对美国微生物组研究的评估报告称，“在管道的每一步都有巨大的变化”。
因此，实验室之间的直接比较几乎是不可能的。这一问题的一个突出例子是美国肠道和生物组对同一粪便样本的分析之间的数据差异2(图1)。
正如《自然微生物学》杂志最近的社论所指出的那样1在美国，鉴于技术不断进步，微生物组工作流程的全球标准化是一个遥远的目标。然而，提高数据可重复性的最佳方法是通过使用基准材料(如微生物组参考材料)和更好的研究工具(如无偏DNA提取方法)不断提高整个领域微生物组测量的准确性。随着不断的改进，偏差和误差将会减少到这样的程度:即使存在细微的差异，与目前相比，比较也将是现实的，目前被引用最多的提取方法已被证明会导致对生物体的错误描述，其数量级为数量级。了解更多微生物学领域所面临的挑战按此下载我们的通讯。
此外,点击在这里了解我们的ZymoBIOMICS™微生物群落标准，ZymoBIOMICS™DNA Miniprep，和其他微生物产品可以帮助您提高您的微生物组测量的德赢vwin体育官方网址准确性。
引用:
1 .克服共享微生物组数据的障碍。自然微生物学2,1573-1573,doi:10.1038/s41564-017-0077-3(2017)。
2 say, t.h。下面是分析肠道微生物群的方法,(2014)。
3 Sinha, R.， Abnet, C. C.， White, O.， Knight, R. & hutenhower, C.微生物组质量控制项目:基线研究设计和未来方向。基因组生物学16,276,doi:10.1186/s13059-015-0841-8(2015)。
4 Stulberg, E.等。美国微生物组研究的评估。自然微生物学1,15015,doi:10.1038/nmicrobiol.2015.15(2016)。
