已知胎盘功能障碍导致与妊娠和交付相关的许多并发症，但是，初始功能障碍的原因通常仍然是一个谜。为了调查这些原因，一些研究人员正在研究与胎盘相关的微生物群。2014年，AAGAARD等人的一项研究¹挑战无菌，无菌哺乳动物子宫的长期理念。利用16S rRNA测序，该研究能够在胎盘样品中识别几种细菌DNA序列，并发现了一种与口腔的微生物组相似。

在接下来的几年中，发表了更多的研究，这些研究得到了艾加德的调查结果，进一步开发了胎盘微生物群的概况。然而，最近由M.C出版的研究。de gofau等。²分析了500种独特的胎盘样本，来自健康和复杂的妊娠和具有多种分析方法的交付，并结论是所有细菌信号，除了链球菌阿拉糖症，是实验室污染和样品处理的结果。

数据分析指向污染

而M.C.德·戈阿夫最初试图确定健康妊娠的胎盘微生物蛋白是否与复杂的妊娠明显不同，他们发现样品中的大多数细菌DNA是由于污染。这些结果得到了2016年宾夕法尼亚大学的广泛研究，将胎盘样本中的细菌序列与实验室环境的污染背景进行了比较，无法识别任何区别差异^3.。

本集团确定了研究期间发生的五个主要污染点。这包括：

1. 劳动和交付过程中的阴道细菌
2. 活检组织洗涤过程中的PBS
3. 用于DNA提取的萃取试剂盒中的痕量DNA
4. 在扩增期间使用的试剂中的痕量DNA
5. 测序期间使用的试剂和设备

使用主成分分析（PCA）鉴定这些污染模式，并且假设发现与加工相关的任何细菌而不是采样相关的细菌被污染。另外，在阴性对照或缓冲液中发现的任何细菌也被消除为污染。唯一是相关的样本的细菌信号链球菌阿拉糖症，由Metagenomics和16s RRNA测序验证，并且与其他变量无关。此外，537个收集的胎盘样本，S. ArAlactiae.通过Metagenomics，16s测序和QPCR在7个样品中呈阳性鉴定。

可以错过细菌吗？

许多研究人员称之为包括Aagaard的主要批评之一是细菌可能以这种低量存在的担忧，即提取和测序方法无法检测到细菌DNA。高效的样品裂解和敏感的下游应用程序在解决这些问题方面是一体的。不幸的是，由于缺乏适当的对照和验证细胞裂解方法，在微生物组研究中，样品裂解过程中的偏差极为普遍。

该研究未表明QiagenQiaamp®MiniPrep套件和MP生物医学FastDNA™旋转试剂盒中的样品裂解方法已得到优化，以确保实现完全裂解。虽然该研究确实包括在一些样品中的单克阴性细菌（S. Bongori），该对照不能充分代表可能存在的宽范围的细菌，包括难以粘附的革兰氏阳性细菌。结果，裂解步骤中的偏差不能有效地评估。为了确保方法是实现完全裂解的方法，并且细菌DNA在完整的细胞中不留下，需要使用革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的混合物来优化裂解方法，具有不同的耐凝块。

这Zymoomics微生物群落标准由7种细菌（革兰氏阴性和革兰氏阳性）组成，2酵母不同的耐脂，最好代表混合的微生物群落。利用该标准验证裂解和测序方法可以帮助降低由于损失效率低下的缺失细菌DNA的情况，并解决了一些评论家问题。此外，这是ZyMobiomics微生物群落标准II（对数分布）可用于识别提取和识别方法的敏感性，因为它在对数稀释液下的微生物下降至100微米。

从试剂中的痕量DNA污染

发现该研究中的样品中鉴定的大多数细菌DNA源自用于处理样品的DNA提取试剂盒，特别是试剂。所有样品处理和PCR制剂设置在2级生物安全柜中使用一次使用无菌设备进行，以便尽可能减少污染风险。尽管这些注意事项，但萃取试剂盒中试剂中存在的痕量DNA的扩增仍然足够高，以在潜在样品细菌的含量下检测到水平。16S rRNA基因扩增子测序和偏见测序的高灵敏度使得低生物培养物试剂和对微生物组研究至关重要的萃取试剂盒，特别是在处理极低的生物质样品时。

ZyMobioMics DNA试剂盒经过认证的低生物，保证每μl洗脱液含有少于3个细菌基因组拷贝。这已经通过16S rRNA基因的定量扩增经过严格优化和测试，并有助于防止试剂引起的污染。

未答复的问题

唯一的样本相关病原体S. ArAlactiae.在本研究中发现与妊娠中的任何常见并发症无关，例如预坦克西亚，胎儿婴儿的婴儿或自发前期出生。尽管研究的初始问题仍未得到答复，但识别S. ArAlactiae.作为与胎盘相关的真正细菌，仍然可以极大地帮助医生。如果在劳动前的子宫中存在病原体，则细菌污染可能导致婴儿和常规筛败的致命脓毒症，并且靶向病原体的抗生素可能会阻止每年近200人死亡。然而，需要解决诊断方法处理时间，工作流程试剂中的污染以及缺乏控制的限制。阅读完整报告这里。

该研究的测量污染和不确定性突出了微生物研究应用的测序的敏感性，以及需要低生物矿试剂和明确定义的标准，以确保准确的结果。利用Zymo Research的无偏见裂解系统，微生物标准和经过认证的低生物管试剂使得所有下游应用的无偏，超纯DNA能够，包括NGS和Metagenomics。

参考：
1. Aagaard，K。等。“胎盘留下一个独特的微生物组。”科学翻译医学，卷。6，不。237,2014，DOI：10.1126 / SCITRANSLMED.3008599。
2. Goffau，Marcus C. de等。“人类胎盘没有微生物组，但可以含有潜在的病原体。”自然，卷。572，没有。7769,2019，第329-334页。，DOI：10.1038 / S41586-019-1451-5。
3.劳德，阿比盖尔P.等人。“胎盘样品与污染控制的比较不提供不同的胎盘微生物群的证据。”微生物组，卷。4，不。1,2016，DOI：10.1186 / S40168-016-0172-3。

2019年9月03日