“您的结果难道是由于工件吗？”

这是一个简单的问题，它使一些微生物学研究人员陷入冷汗。探索世界微生物组和NGS不断增长的兴奋的兴奋引起了微生物分析研究的匆忙研究，以惊人的速度蓬勃发展。但是最近，许多科学家已经停止质疑此类研究的准确性，因为许多人没有纳入定义明确且经过验证的对照。没有阳性对照，例如模拟微生物群落来模仿各种微生物，就无法消除结果中的伪影。

可以理解的是，为什么在微生物学的早期没有使用这些控制，因为很难产生良好的模拟微生物群落，因此，直到对此类控件挑战之前，尚未实现较旧的核酸提取技术固有的偏见。

它的发音为“吉姆·比”（Jim Bee）

如今，许多研究人员和一些新成立的举措正在推动所有元基因组学研究中这种控制的标准化，这是最近的这一最近的焦点技术功能从自然方法¹。解决这些问题的一组是斯坦福大学生物学计量学的联合计划（JIMB，宣布“ Jim Bee”），该计划源于美国国家标准与技术研究院（NIST）。JIMB的目标之一是促进和促进宏基因组学中的标准和控制。

将标准作为标准

Zymo Research的一种可获得这些需求的微生物组标准的可用来源Zymobiomics™标准和控件线。这些包括模拟社区甚至分布和对数分布测试提取和图书馆制备方法的格式，以及通过NGS测量值绝对量化微生物的尖峰控制。

它们由易于散热和难以散热的生物组成，这些生物可以验证DNA提取方法（图1）以及不同水平的基因组GC含量，用于挑战库制备和测序工作流程（图2））。产生和验证这些标准的精度对于它们用作准确的宏基因组控制的使用至关重要。

这些定义明确的组成是这些标准在许多高影响研究中使用的原因，包括：克里斯·梅森（Chris Mason）的全面基准研究²，罗布·奈特（Rob Knight）的高通量16S图书馆准备工作流程³，洛曼实验室的长阅读测序项目⁴， 还有很多。

实验控制的光明未来

由于在微生物学早期缺乏经过验证的高质量模拟微生物群落，因此可以理解，为什么许多研究没有在其实验中纳入对照。然而，近年来，微生物学的一种启蒙运动，研究人员正在寻求微生物级，无偏见的提取方法以及准确定义的模拟微生物群落。随着对更新的方法和控件的推动，由现场领导者和杰出的财团（例如NIST和JIMB）带头，我们肯定是黄金时代的悬崖，以实现准确的微生物组合突破。

参考：
1. Marx V.控制让基因组学实验者用仪表板驾驶。自然方法。2019 16（1）：29-32。
2. McIntyre Abr，Qunit R，Afshinnekoo E，Prill RJ，Alexander N，Minto SS，Danko D，Foox J，Ahsanuddin S，Tighe S，Tighe S，Hasan NA，Subramanian P，Moffat K，Moffat K，Levy S，Levy S，Lonardi S，Lonardi S，Greenfield N，Greenfield N，，Greenfield N，，Greenfield N，，Greenfield N，，Greenfield N，，Colwell RR，Rosen GL，Mason CE。元基因组分类器的全面基准测试和合奏方法。基因组生物学。2017 18（1）：182。
3. Minich JJ，Humphrey G，Benitez Ras，Sanders J，Swafford A，Allen EE，Knight R.高通量小型化的16S rRNA Amplicon库的准备可降低成本，同时保持微生物组完整性。MSYSTEMS。2018 3（6）：E00166-18。
4. Nicholls SM，Quick JC，Tang S，Loman NJ。模拟微生物社区标准的超深，长阅读的纳米孔测序

2019年1月24日