下一个下一步测序
我们有寄生虫问题
在过去的十年中，下一代测序（NGS）的优化具有显着性的基因组学，允许具有成本效益的Metagenomics和De Novo Genome组装。电流测序技术基于短读取（100-300bp）的累积，并且必须准确地将其重新组装到原始基因组中。虽然功能强大，短读取测序面临组装基因组时的几个挑战。例如，基因组序列重复和大的结构变化，例如易位和重复措施更难以检测，并且可能会降低精度1。
长读革命
最近的高级读取测序技术的发展（纳米孔和PACBIO测序）允许更长的读取，范围低于10 kbp高达2 Mbp。较长的读取使De Novo Genomic组装更容易，并且由于测序读取的较长率较长的潜力而变得更加模糊2。这有助于克服短读排序和基因组组装面临的挑战。然而，这项新技术并非没有自己的挑战，包括需要优化和基准测试，以具有良好的控制和标准。
使用标准来解决挑战
为了解决这些挑战，最近是Nicholls等人的一篇文章。测序模拟微生物群落标准，努力基准纳米孔分析3.。作者使用了明确定义的ZyMobiomics微生物群落标准这由偶数和日志分布丰富的10个微生物生物组成。使用改性方案从标准中提取高分子量微生物DNAZymoomics DNA Miniprep套件并通过量子比量化。然后使用Ampure珠粒（Beckman Coulter）选择DNA的尺寸，并使用牛津纳米孔LSK-109试剂盒制备文库。从两种标准生成文库，然后使用来自牛津纳米孔技术的地形和嗜汞流动细胞进行测序。为了验证长读序列，还使用Illumina的Hiseq 1500管道编制和测序库。
从四个测序运行产生总共324 Gbps的测序数据，并且在均衡和对数分布的微生物标准中检测到所有10种微生物物种。此外，该网格化能够检测到日志微生物标准中具有最低丰度的物种的S.UUREUS。值得注意的是，对于illumina的平均值<30个噬菌体分数的标准，Gridion和ProMethion的平均共识准确性大于99％，其中Illumina的平均值<30 PHRED分数范围在75％和95％之间。成功的纳米孔测序和基因组组件有助于验证长读取测序作为雌磁体分析的有希望的选择。
向前进
为了帮助研究人员开发新的长读生物信息学工具，用于验证目前的流水线，该研究的作者慷慨地使公众提供完整的数据集。这些组装的基因组特征和广泛的标准是一种有价值的资源，用于长读测序偏心组织的爆炸领域，该方法旨在彻底改变肉桂组合的可达性。这些在Metagenomics和长读测序领域的专家非常了解困扰微生物组分析初期的偏见缺陷。为确保为未来用户开发了最佳工具，它们利用ZyMoomics微生物群落标准来严格验证通过生物信息学的DNA提取的工作流程。
阅读原文这里。
参考：
牛津纳米孔技术。2017年。纳米孔测序基因组组件[白皮书]的长读取优势。从...获得www.nanoporetech.com。
2. Shin，J.，Lee，S.，Go，M. J.，Lee，S. Y.，Kim，S. C.，Lee，C.H.，C.，B.，B.K.K.P.K.P.K .. 2016年，使用全长16S rRNA扩增子测序分析了小鼠肠道微生物组。科学报告6：29681。
3. Nicholls，S. M.，Quick，J.C.，J.C.，Tang，S.，＆Loman，N.J.J. 2018。超深，长读数的模拟微生物群落标准的纳米孔序列。生物XIV。487033。
