样品保存:偏差的起源

作为开发基因表达谱的最强大和最普遍的工具之一,RNA测序(RNA-SEQ)易于偏置。在环境温度下的DNA和RNA的不稳定性意味着研究人员在收集样品时必须特别小心,以确保在核酸提取之前没有丧失样品信息。用于稳定生物样品中核酸的一种常用方法是闪蒸液氮中的样品。虽然有效,但在受控实验室环境之外,闪光冻结可能过于繁琐和不切实际。结果,一些研究人员转向市售的试剂,例如RnalaterTM,以在环境温度下稳定核酸。

最近的一项研究从明尼苏达大学的研究人员表明,与样品闪蒸在液氮中的样品闪蒸相比,将生物样品储存在RNALATERTM中可能对基因表达型材产生重大影响。与储存在rnalater™中的样品相比,研究人员发现2,708个基因被显示出差异表达,与闪蒸的闪蒸的样品,其中一些偏差归因于基因的GC含量,陈述

液体活组织检查的意义是它们能够用简单的血液抽取来检测早期疾病。随着技术改善特定疾病生物标志物的检测,早期采用更有效的靶向治疗。这种潜力一直受到很大的关注,导致Illumina和Roche等公司的重大投资。

“......我们建议研究人员在比较可能具有可变存储条件的RNASEQ数据集的基因表达值时小心使用”(Passow等人)

对于依赖RNALATER™来保护其RNA的研究人员来说,这具有巨大的影响,它涉及使用RNA-SEQ开发准确基因表达谱的巨大影响。对观察到的表达式概况的偏见变化可以大大影响最终数据并导致结果的解释变化。

理想情况下,应保护样品免受冻结/解冻的影响,并从收集时维持表达概况(图1)。这要求收集和保存方法在所有条件下防止偏差。

粪便DNA图
高度高质量的DNA在DNA / RNA Shield™中最多10次冻融循环。通过16S rRNA基因的微生物组成分析靶向测序。

幸运的是,Zymo研究通过DNA / RNA Shield™的开发消除了这些偏见。DNA / RNA护罩是一种防腐剂,其在环境和冷冻温度下维持生物样品的样品表达谱(图2)。另外,DNA / RNA护罩免受多个样品类型的DNA和RNA,其未观察到RNALATER TM(图3)。

(RT)QPCR血液DNA / RNA样品图
血液样品中的DNA和RNA在DNA / RNA Shield TM中随时间随时间有效地稳定DNA / RNA Shield TM。图表显示(RT)QPCR由与DNA / RNA Shield TM的血液样本分离的RNA在各种常见目标的各个时间点中分离的RNA。样本在四肢纸上ran。
DNA / RNA Shield™VSRNALATER®比较
引文:Uhlenhaut,Christine和Maren Kracth。“病毒感染性由RNA保护缓冲液维持。”病毒学方法杂志128.1-2(2005)

随着研究的复杂性和分析技术的增长,敏感性的增加,样品收集和存储对数据的影响将更多地考虑。德赢体育平台游戏平台此外,使用非优化技术可以导致偏置的表达曲线,通过马克斯特和闪光冻结的通道和同事所识别。因此,DNA / RNA屏蔽等下一代技术都是轨道,通过启用无偏见的数据收集来成为样品收集,运输和存储的新标准。德赢体育平台游戏平台

参考:
Passow,Courtney N.等人。“RNALATER和FLASH冻结储存方法非粗糙地影响RNASEQ实验中的基因表达。”Biorxiv(2018):379834。

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