RPL效应

RNA结构的挑战

阐明微观大分子的结构是生物学领域的一个重大挑战。目前，大多数结构预测依赖于基于统计方法的计算机模型，由于缺乏经验证据，这些模型并不总是准确的。RNA结构研究的其他方法包括晶体学、电子显微镜和光谱学，这些方法复杂且难以扩展。

RNA二级结构确定的一个重要方面涉及碱基配对和当RNA复合体彼此接近时形成的组合结构。这些相互作用形成了核酶许多催化和调节作用的基础。此外，必须详细了解这些结构，以便更清楚地了解这些分子是如何运作的。

RPL，又名“Ripple”

研究人员已经开发了一种更直接的解码这些二级结构的方法，通过一个称为RNA接近连接(RPL，又名“波纹”)的过程。作者出版的手稿Ramaniet al。在自然生物技术概述了这个RPL方法的详细信息。简而言之，这种方法通过酶的方式消化和连接RNA分子在原地,然后生成可以形成分子内环的嵌合RNA分子库。然后可以对这些循环进行测序，以检索用于确定RNA二级结构的数据，基于成对的接触映射。

Ramaniet al。用这种RPL方法测定了剪接体中酵母rRNA和真核snorna的结构。在进行RPL结扎之前，研究人员必须先从酵母中提取总RNA，首先裂解并将细胞储存在TRIzol中，然后用Direct-zol RNA试剂盒．总RNA分离后，用RNA酶消化，用RNA Ligase进行RPL连接。然后对得到的RPL结扎进行Illumina测序。

他们的结果导致通过成对的相互作用对RNA二级结构进行了高度准确的全局测定。作者进一步预测，当结合目前的结构测定技术，该方法有能力实现二级和三级RNA结构的高通量测定。要查看他们的结果并阅读更多关于RPL的内容，您可以阅读这篇论文在这里．

引用:
1.陈晓燕，陈晓燕，陈晓燕。2015。近距离连接法高通量测定RNA结构。自然-生物技术33(9):980-984。