Zymo瞄准猎枪宏基因组测序研究
不断增长的深度通过使用下一代测序领域的microbiomics提供更多的信息是关于微生物是如何影响我们的生活和环境。随着测序成本持续下降,微生物鉴定和猎枪宏基因组测序获得增加的关注。
与目标序列(如16 s, 18岁或其测序),猎枪宏基因组测序的优势包括strain-level决议,across-kingdom识别、和功能基因分析。虽然对于所有微生物研究,strain-level决议对致病微生物的识别至关重要除了良性的同一物种的共生体。
此外,病原体识别在王国包括真细菌、真菌和原生生物是理解的关键微生物社区传染病的诊断分析。此外,基因功能分析,而不是单独分类,对微生物群落的特征很重要。例如,识别毒力因子和抗生素抗性基因为传染性疾病的治疗提供了有价值的信息。
尽管优点,鸟枪测序并非没有限制。类似于其他NGS-based测量,工作流从样本集合多个步骤的生物信息学分析。德赢体育平台游戏平台没有适当的考虑,偏见和错误很容易引入每一步将化合物和偏差分析。
没有适当的样本保护和存储、微生物组成可以转变的集合。最近,美国肠道项目观察细菌繁殖在粪便样本运输和与生物信息学研究人员被迫解决影响[1]。这种方法从根本上扭曲了的分析可能消除基因组信息不会被移除时如果样品妥善保存收藏。
也就是说,DNA提取方法可以介绍戏剧性的偏见。事实上,最近,它是证明人类微生物组项目所使用的协议(HMP)和宏基因组的人类肠道(MetaHIT)引起的不同分析结果相同的粪便样本,尤其是大量的拟杆菌门[2]。这种差异的根源很可能由于方法论上的偏差导致比例丰度的差异easy-to-lyse tough-to-lyse微生物。因此,没有挑战每项研究中使用的方法,以确保适当的溶菌作用的微生物,这些研究成为无与伦比的。
如果执行得当,猎枪宏基因组测序偏见通常低于16 s测序。然而,所有库制备过程包含程序从而导致偏见。例如,序列物种之间的保障范围会有所不同,由于基因GC含量的差异。此外,一个主要挑战猎枪宏基因组驻留在生物信息学分析。例如,麦金太尔和他的同事相比,11个不同的管道进行猎枪宏基因组分析和发现戏剧性的矛盾在性能[3]。这些管道的性能方面的假阳性和假阴性率千差万别。除了用于分类预测的算法,综合参考数据库中发挥着重要作用的准确识别顺序读取的来源。
尽管strain-level, cross-kingdom识别、猎枪和基因分析功能,疾病诊断和微生物宏基因组测序提供先进的解决方案分析,偏见在每一步的工作流可以扭曲度假村。提供最高品质的猎枪宏基因组分析科学界,Zymo研究提供了公正和准确的样本收集试剂,DNA提取、图书馆准备,并测序。德赢体育平台游戏平台这个组合是严格测试和验证使用ZymoBIOMICS®微生物标准。
此外,ZymoBIOMICS服务然后赋予准确的生物信息学分析复杂的算法和世界上最大的策划微生物数据库(> 150000基因组)。这导致strain-level识别、across-kingdom(细菌、真菌、病毒和寄生虫)识别、和功能基因分析(如抗生素抗性基因和毒力基因)。
Zymo宏基因组研究的解决方案提供了最简单,最强大的collection-to-conclusion解决方案。
点击这里询问ZymoBIOMICS®猎枪宏基因组测序服务
引用:
1。阿米尔,麦当劳D, Navas-Molina JA Debelius J,莫顿JT,海德E, et al。纠正在室温航运在粪便样本微生物大量繁殖。mSystems。2017;2。
2。Wesolowska-Andersen,巴尔MI,卡瓦略V, Kristiansen K, Sicheritz-Ponten T,古普塔R, et al。从粪便细菌的DNA提取方法的选择影响群落结构是通过宏基因组分析评估。微生物。2014;19。
3所示。麦金太尔ABR, Ounit R, Afshinnekoo E,金属小球RJ, Henaff E,亚历山大·N等。综合基准和合奏宏基因组分类器的方法。基因组医学杂志。2017;18:182。
