ZyMoomics微生物标准标准
如何使用ZymobioMics®微生物群落标准
ZyMobiomics®微生物群落标准和DNA标准可用作评估微生物学工作流程的定义输入。标准旨在帮助评估测量微生物组成的准确性。它们可用于两个主要应用：（1）建立和优化准确可靠的微生物学工作流程，（2）规定的微生物学工作流程的常规质量控制。
微生物群落DNA标准
这ZyMobiomics®微生物群落DNA标准可用于通过固定其他变量来确定图书馆准备协议之间的差异，例如测序平台和生物信息学分析方法。DNA标准也是理想的，在图书馆制备过程中优化条件，e。G。PCR循环编号，PCR退火温度，16S引物等。使用ZymobioMics®微生物群落DNA标准只能解冻标准并使用推荐的DNA输入量为您的图书馆制备过程。我们建议首次使用Microbial Community标准用户开始使用此套件来优化和验证您的测序和分析方法，请先寻址提取协议中的偏差。
微生物群落标准
虽然强烈建议使用标准与彼此结合使用，但它们可以独立使用并提供两个单独的目的。Zymobiomics®微生物群落标准是含有1个不同微生物的型号的微生物群落，用于测量DNA提取方法的准确性。为了测量DNA提取方法的准确性，下次您从微生物样品中提取DNA时，需要75ul的微生物群落标准，并将其视为您只是您的另一个实际微生物样品。从样品和微生物群落标准中提取DNA后，通过预优化的文库制备，测序和数据分析过程发送DNA。我们已经提供了微生物群落标准的理论组成，以与通过您的提取方案进行的微生物群落标准的测序DNA进行比较。如果戏剧标准和测序标准之间存在任何重大差异，您将能够确定提取协议内的缺陷。
如何在实验室中建立准确的微生物工作流程
Zymobiomics®微生物群和DNA标准如何有助于建立准确的微生物学工作流程？让我们假设两个案例：用户A想要在新实验室中建立微生物学工作流程，并且用户B想要优化现有的微生物学工作流程。我们将建议您首先应用Zymobiomics®微生物群落DNA标准，以确定DNA提取步骤后工作流程中的最佳实践。要确定要使用的图书馆准备协议，可以通过修复其他变量，例如测序平台和生物信息学分析方法来比较不同的库准备协议。例如，在16S排序的情况下，您可以使用标准比较不同的库准备协议，例如HMP协议和EMP协议。Zymo即将发布用于有针对性测序的图书馆准备套件。您还可以使用Zymobiomics®微生物公共标准来优化图书馆准备过程中的条件，例如G。PCR循环编号，PCR退火温度，16s引物等。
在确定图书馆准备的最佳实践后，可以开始优化DNA提取步骤;这需要使用ZymobioMics®微生物群落标准，细胞形式。该套件使您能够将不同的DNA提取方案或商业套件与微生物标准提取进行比较，用不同DNA提取方法隔离的DNA样品可以通过相同的预优化的文库制备过程，测序和数据分析。包含DNA标准的样本是一个好主意，因此您可以比较微生物群落标准和DNA标准之间的结果。如果DNA标准的结果和微生物群落标准互相匹配，这意味着您的DNA提取步骤中存在最小偏差;如果它们都同意了标准的理论值，这意味着整个工作流程中存在最小的偏差。
在确定整个工作流的最佳实践之后，ZymobioMics®微生物群落标准可用作整个工作流程的质量控制。例如，良好的做法是在每批DNA提取中包含阳性对照（Zymobiomics®微生物群落标准）和阴性对照（空白控制）。积极的控制将向您展示您的工作流程的始终如一和准确。负面控制可以帮助您评估您工作流程的总生物顿（或污染物）。包括阴性对照对于分析低生物量样品，例如皮肤拭子至关重要。
在测序ZymoOMIOMICS®标准时分析ZymoOMIOMICS®标准标准的16S测序数据，使用您的常规16S分析管道分析它们，例如Qiime和Mothur。您可以将测量的组成与标准的理论成分进行比较。在此比较期间应该保留的问题包括：（1）您的测量是否涵盖具有正确的分类作用和正确丰富的所有菌株，（2）您的测量是否表明存在具有显着丰富的外国分类群。由于参考数据库中的问题，分类分配可能是不正确或不当的。丰度估计可能是由于DNA提取的偏差，图书馆制备偏差，Miseq运行质量差等。外国征集的存在可能表明过程污染，测序质量差，PCR嵌合在图书馆制剂中，生物信息学分析的缺陷，参考数据库中的缺陷等。Zymoomics®Microbial群落标准和DNA标准都经过认证，杂质水平低，DNA丰度<0.01％。因此，任何高于0.01％的外国分类遗料都来自您工作流程中的文物。
在微生物组合物测量的准确性方面分析ZymoOMIOMICS®标准的霰弹枪代理数据，我们发现霰弹枪代理测序通常比靶向测序更精确，包括16S测序。这种准确性的增加可归因于霰弹枪测序文库制备方案，需要较少的PCR循环或者可以不含PCR，而16S文库制备仅仅是PCR基于PCR。随着那个说，霰弹枪代理测序对偏差并不不普遍，并且可以体验偏见。ZymobioMics®微生物群落DNA标准可以轻松帮助您捕获此偏差。例如，使用ZymobioMics®微生物群落DNA标准，我们发现霰弹枪图书馆的Nextera XT（Illumina，CA，US）制剂导致低GC含量区和高GC含量区域的测序覆盖率较低。
