Zymo Research释放了废水中SARS-COV-2变体检测的开源生物信息学管道
VirSieve™生物信息学管道的早期发布将促进环境SARS-COV-2研究的合作
Zymo Research将VirSieve™开源生物信息学管道源代码释放到环境微生物学界，以促进全球合作和支持在废水中检测SARS-COV-2变体。
尔湾，加利福尼亚，（2021年5月11日）- Zymo Research已将VirSieve™生物信息学管道源代码发布给环境微生物学界，以促进全球合作和支持在废水中检测SARS-COV-2变体。VirSieve™是一种自动计算管道，可分析从废水样品中的SARS-COV-2病毒中的测序读取，以更好地了解受监测群落中存在的病毒变体。通过对观察到的病毒突变的置信区间进行评分，该软件具有显着提高分析病毒遗传材料变化的准确性。
根据疾病控制和预防中心的说法，尽管疫苗的部署对遏制美国境内的SARS-COV-2大流行有巨大的积极影响，但新的病毒株仍在出现。这些菌株中的某些（例如B.1.1.7）被归类为“关注的变体”，这是由于传播，致病性或疫苗逃逸的证据增加。废水下一代测序正在成为近乎实时社区监视的最可行解决方案。
由于碎裂和病毒RNA的降解，从废水中进行病毒测序很困难，通常导致测序误差最终表现为假突变。VirSieve™可以识别这些错误的变体，并将其标记为低或没有信心，从而使研究人员可以过滤更高的支持程度的突变。Zymo研究也提供DNA/RNA Shield™，该试剂可保护病毒RNA在灭活任何病毒后无法进一步降解的试剂，以进行安全，环境温度收集和废水样品的运输。
“ Zymo Research先前已经开发了诸如Zymo Research Transmit计划之类的公共软件工具，该计划是通过Calredie公共卫生报告系统提交COVID-19测试结果的开源客户，”实验室信息系统总监Michael Weinstein博士说。Zymo Research的VirSieve™管道项目的项目负责人。“ VirSieve™是Zymo Research持续努力为全球大流行响应工作提供最大支持的努力的一部分。我们认为VirSieve™不仅有可能用于在废水中跟踪SARS-COV-2病毒的变异菌株，而且还可以用于未来的公共卫生工作。”
“从临床样本或污水中获得准确的变体是在所有其他病毒变体中适当放置病毒株并告知病原体跟踪工作的关键。”Weill Cornell Medicine WorldQuant定量预测研究所和生理学和生物物理学教授的联合主任。
有关VirSieve™管道的更多信息，请访问Zymo Research的网站或通过电子邮件与他们联系tech@zymoresearch.com。
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