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Wendell P.等人(2020)通过甲基敏感DArT测序进行DNA甲基化检测的一种经济有效的方法。德赢vwin体育平台入口科学通报15(6):e0233800。
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0233800
研究人员研究了心肌细胞核利用RRBS对急性增生性刺激的反应的表观遗传调控。Von Walden F.等人。从3000个差异甲基化位点中发现启动子中655个低甲基化位点和84个高甲基化位点。通过对不同甲基化启动子区域的路径分析发现，健壮的低甲基化位点对骨骼肌生长、自噬和核糖体生物生成的调节有影响。
Von Walden F. et al.(2020)心肌细胞核DNA甲基组对急性增生性刺激的反应。表观遗传学。2020年4月DOI: 10.1080/15592294.2020.1755581
Beetch M.等人研究了犬乳腺癌不同阶段的德赢vwin体育平台入口DNA甲基化模式，以帮助确定原位三阴性(DCIS)进展。Methyl-Miniseq®分别用于发现DCIS和浸润性导管癌特异性差异甲基化启动子基因128和150中的68和96。差异甲基化基因与转录调控、细胞凋亡、信号转导和细胞迁移有关。
比奇，M.，哈兰蒂-扎德，S.，杨，T.等。德赢vwin体育平台入口犬乳腺癌三阴性原位导管癌(DCIS)进展至浸润期的DNA甲基化格局。科学通报10,2415(2020)。https://doi.org/10.1038/s41598-020-59260-4
利特尔约翰，b等人。产前运输应激诱导的差异DNA甲基化对哺乳Brahman犊牛行为和应激反应的生理控制的影响，《动物科学杂志》，第98卷，第1期，20德赢vwin体育平台入口20年1月，skz368，https://doi.org/10.1093/jas/skz368
张强等(2019)套细胞淋巴瘤细胞保留核心突变时基因突变格局的动态变化。前面。肿瘤防治杂志。9:568。doi: 10.3389 / fonc.2019.00568
González, B. et al.(2019)。叶酸代谢通过甲硫氨酸合成酶定向的全基因组DNA甲基化增强干扰植物免疫德赢vwin体育平台入口分子植物。doi: 10.1016 / j.molp.2019.04.013
培根，E. R.等(2019)。神经内分泌衰老先于围绝经期，受DNA甲基化调节。德赢vwin体育平台入口衰老神经生物学，74,213-224。doi: 10.1016 / j.neurobiolaging.2018.09.029
利特尔约翰，B. P.等人(2018)。产前运输应激改变了哺乳期婆罗门公牛犊的全基因组DNA甲基化。德赢vwin体育平台入口动物科学杂志。doi: 10.1093 /雅/ sky350
阿雷彻德拉，M.等人(2018)。基因体CpG岛的高甲基化预示着肝癌中功能性癌基因的高剂量。自然通讯,9(1)。doi: 10.1038 / s41467 - 018 - 05550 - 5
米什拉，R.等人(2018)。基质表观遗传改变驱动代谢和神经内分泌前列腺癌重编程。中国临床医学杂志，28(4):378 - 378。doi: 10.1172 / JCI99397
考尔，G.等人(2018)。解旋酶样转录因子(Hltf)的替代剪接:胎母界面免疫耐受的内含子保留依赖性激活科学通报，29 (7)，e020021。doi: 10.1371 / journal.pone.0200211
张,Na。et al。(2018)。H19长链非编码RNA在肝脏的表达升高与糖尿病高血糖有关。JCI洞察力。3 (10):e120304。doi: 10.1172 / jci.insight.120304
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乔根森，B.G.等。德赢vwin体育平台入口DNA甲基化，通过DNMT1，在胃肠道平滑肌细胞的发育和疾病中起着重要作用。细胞死亡，9,474(2018)。doi: 10.1038 / s41419 - 018 - 0495 - z
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McCormick, H. et al.(2017)等基因小鼠在多个组织中表现出性二态DNA甲基化模式。德赢vwin体育平台入口BMC基因组学18,966。https://doi.org/10.1186/s12864-017-4350-x
巴赫，A.等人(2017)。妊娠期间提供甲基供体对哺乳期和非哺乳期奶牛后代甲基组的影响。科学通报，32 (12)，e0189581。doi: 10.1371 / journal.pone.0189581
Rea, M.等人(2018)。在iAs转化的细胞中，选择性抑制CTCF结合可指导tet介导的5-羟甲基化模式重编程。中国生物医学工程学报，38(6):644 - 644。doi: 10.1016 / j.taap.2017.11.015
Dworkin, M.等(2017)利用MeDIP-seq和BS-seq分析高地和低地柳枝稷(Panicum virgatum)生态型的甲基组。BMC基因组学18,851。doi: 10.1186 / s12864 - 017 - 4218 - 0
Ellison, E.M.等(2017)阿尔茨海默病受试者海马中5-羟甲基胞嘧啶修饰的单基分辨率映射。中华神经科学杂志63,185-197。doi: 10.1007 / s12031 - 017 - 0969 - y
Moghadam, H.K.等(2017)早期生活压力对大西洋鲑鱼甲基组和转录组的影响。科学报告7,5023。doi: 10.1038 / s41598 - 017 - 05222 - 2
Mason, A.G.等(2017)SMCHD1调节常染色体上的一组有限的基因簇。骨骼肌7,12。doi: 10.1186 / s13395 - 017 - 0129 - 7
Korkmaz, F.T.等人(2017)通过全基因组甲基化分析发现，不同的甲基化位点与牛成纤维细胞对LPS反应的年龄依赖性增加有关。BMC基因组学18,405。doi: 10.1186 / s12864 - 017 - 3796 - 1
Begue, G.等人(2017)。德赢vwin体育平台入口人类慢收缩和快收缩骨骼肌纤维的DNA甲基化评估。应用生理学杂志，32(4)，952-967。doi: 10.1152 / japplphysiol.00867.2016
Nagymihály, M. et al.(2017)。共生细胞表观基因组的倍性依赖变化与特定的基因表达模式相关。美国科学院学报，114(17)，4543-4548。doi: 10.1073 / pnas.1704211114
Rea, M. et al.(2017)全基因组DNA甲基化重编程对德赢vwin体育平台入口无机砷链接抑制CTCF结合、DNMT表达和细胞转化的响应。科学报告7,41474。https://doi.org/10.1038/srep41474
Mutoji, K.等人(2016)。TSPAN8表达在青春期前小鼠睾丸中区分精原干细胞。生殖生物学，95(6)，117-117。doi: 10.1095 / biolreprod.116.144220
Doherty等(2016)在牛分枝杆菌感染的牛中，CD4+ T细胞甲基组有助于形成独特的CD4+ T细胞转录特征。科学通报6,31014(2016)。doi: 10.1038 / srep31014
Zhong等(2017)二甲双胍通过H19/SAHH轴改变全基因组DNA甲基德赢vwin体育平台入口化。癌基因36,2345-2354(2017)。doi: 10.1038 / onc.2016.391
Trella等人(2016)。全基因组分析发现小鼠肌腱病变中Leprel2、Foxf1、Mmp25、Igfbp6和Peg12的差异启动子甲基化。中华骨科杂志，35(5)，947-955。doi: 10.1002 / jor.23393
Crampton, M.等人(2016)。中美洲菜豆(Phaseolus vulgaris L.)的甲基组分析使用MeDIP-Seq和全基因组亚硫酸氢钠测序。植物科学前沿，7。doi: 10.3389 / fpls.2016.00447
Barua, S.等人(2016)。德赢vwin体育平台入口单碱基分辨率DNA甲基化谱揭示了妊娠期补充叶酸对小鼠后代小脑表观基因组的影响。神经科学前沿，10。doi: 10.3389 / fnins.2016.00168
Steyaert, S. et al.(2016)利用MethylCap-seq和RNA-seq对斑胸草雀表观遗传调控基因进行全基因组搜索。科学报告6,20957。doi: 10.1038 / srep20957
Zhou, J. et . (2015) H19 lncRNA通过调节s -腺苷同德赢vwin体育平台入口型半胱氨酸水解酶改变DNA甲基化基因组。Nat comm 6, 10221。doi: 10.1038 / ncomms10221
Weyrich, A.等人(2015)。雄性野生豚鼠对热暴露的父系代际表观遗传反应。分子生态学报，25(8)，1729-1740。doi: 10.1111 / mec.13494
Kozlenkov, A. et al.(2015)。人类大脑中两种主要神经元德赢vwin体育平台入口亚型之间的DNA甲基化差异。中国生物医学工程学报，28(6)，349 - 356。doi: 10.1093 / nar / gkv1304
该研究的作者调查了经过4周规律运动后小鼠骨骼肌的DNA德赢vwin体育平台入口甲基化变化。利用Zymo Research的甲基- miniseq平台，Kanzleiter等人检测到分布在2762个启动子区域中的3692个差异甲基化cpg。结合基因表达谱，综合分析发现361个基因的DNA甲基化变化与基因表达变化相关。德赢vwin体育平台入口这些基因包括与肌肉生长和分化以及代谢调节相关的基因。
Kanzleiter T等(2015)运动训练改变了小鼠肌肉生长和分化相关基因的dna甲基化模式。中国生理内分泌杂志，15;38(4):369 - 369。doi: 10.1152
研究人员试图更好地理解肝星状细胞(HSCs)激活后发生的表观遗传变化。Götze等通过改变体外培养条件刺激HSC激活。然后使用Zymo Researc德赢vwin体育平台入口h的甲基- miniseq服务确定全基因组DNA甲基化模式。数据揭示了大约400个差异甲基化区域，根据DAVID通路分析，包含了与HSC激活相关过程的基因。此外，位点特异性验证试验显示，DNA甲基化变化与选定基因的基因表达变化相关。德赢vwin体育平台入口研究人员继续表明，DNA甲基化变化很可能是主动去甲基化机制的结果，而不是被动去甲基德赢vwin体育平台入口化机制的结果。
Götze, S.， et al.(2015)肝星状细胞激活过程中的表观遗传变化。PLOS One。2015年6月12日。DOI: 10.1371 / journal.pone.0128745
研究人员调查了酒精如何影响正常干细胞分化和胚胎发育所需的调节机制。研究作者利用Zymo Research提供的全基因组DNA甲基化分析服德赢vwin体育平台入口务，帮助描述暴露于少量酒精(乙醇，乙醇)的人类胚胎干细胞(hESCs)的表观遗传和基因表达变化。全基因组分析显示，酒精暴露导致大量区域启动子高甲基化，特别是影响染色体2、16和18的片段，以及未分化hESCs与对照的差异表达。研究作者还发现，接触乙醇会影响与正常细胞功能相关的关键途径，如代谢，并降低hESC的多能性。
Khalid, O, et al.(2014)酒精诱导的人类胚胎干细胞DNA甲基组失调对基因表达特征的影响。干细胞研究。12(3):791-806。
研究人员调查了二(2-乙基己基)邻苯二甲酸二酯(DEHP)对子宫内暴露于DEHP的成年雄性大鼠肾上腺DNA甲基化变化的影响。DEHP是一种普遍存在的增塑剂，也是一种已知的内分泌干扰物。德赢vwin体育平台入口利用Zymo Research的甲基- miniseq™服务，研究作者在整个基因组中调查的2,183,479个CpG位点中发现了972个差异甲基化CpG。大多数差异甲基化CpG发生在CpG岛内(40%)。有趣的是，差异甲基化cpg的第二高频率出现在海岸/大陆架区域(30%)。相比之下，启动子区域不包含显著数量的差异甲基化CpGs，这表明DEHP靶向调控组织特异性表达的表观基因组区域。研究人员还发现了几个与差异表达基因区域相一致的差异甲基化CpGs热点。在chr20p12位点有两个这样的热点与基因表达的失调有关。该区域含有对免疫系统正常功能至关重要的基因。这项研究的发现支持了这样一种观点，即环境中存在的典型DEHP数量可能会影响表观基因组中的大量区域。
Martinez-Arguelles, DB & Papadopoulos, V.(2014)子宫内暴露于普遍存在的内分泌干扰剂增塑剂邻苯二甲酸二乙己基酯后，成德赢vwin体育平台入口年男性肾上腺DNA甲基化热点的鉴定。内分泌学。1(1):124 - 33所示。
研究人员利用Zymo Research的甲基MiniSeq和靶向亚硫酸氢盐测序服务来识别和验证与非裔美国人结直肠癌(CRC)相关的甲基化标记。使用甲基MiniSeq进行全基因组甲基化分析发现，除了CRC样本中低甲基化的长交错元件(LINEs)外，13个基因中有355个差异甲基化的CpG位点。此外，其中6个基因包含50个差异甲基化程度最高的CpGs，然后使用42个样本和靶向亚硫酸氢盐测序进一步研究。通过更大的样本集和更集中的测序，作者能够验证四个基因，EID3, BMP3, GAS7和GPR75，作为非裔美国患者中新的CRC甲基化标记。
Ashktorab, H，等(2014)DNA甲基组分析在非裔美国结直肠肿瘤患者中发现了新的甲基化基因。表观遗传学。9 (4):503 - 512
甲基- miniseq服务被作者用来确定DNA甲基化在稳定胚胎干细胞在细胞状态之间过渡的基因表达中的作用。德赢vwin体育平台入口研究发现，多能标记Rex1的表达与关键甲基化因子Dnmt3b、Tet1和Prdm14的表达相关。甲基- miniseq数据显示，在rex1 -低状态下的细胞，启动子甲基化水平高于在rex1 -高状态下的细胞。差异甲基化发生在关键ESC调控子的启动子上，如Esrrb、Tet1和Tcl2;这些结果与单分子RNA-FISH (smFISH)观察到的差异基因表达相关。此外，DNA甲基转移酶敲除或经DNA甲基化抑制剂处理的细胞中，处于Rex1-low状态的细胞较少。德赢vwin体育平台入口这些发现表明甲基化是两种细胞状态之间的过渡及其维持所必需的。
Singer, Z, et .(2014)胚胎干细胞的动态异质性和DNA甲基化。德赢vwin体育平台入口分子生物学杂志。55(2):319-331。doi: 10.1016 / j.molcel.2014.06.029。
研究人员使用简化亚硫酸氢盐测序和生物信息学分析(Methyl-MiniSeq)，检查了eb病毒(EBV)感染后口腔角质形成细胞的表观遗传修饰。研究小组发现，与未感染的细胞相比，EBV感染在CpG岛、启动子和基因体内诱导了持久的DNA甲基化变化。德赢vwin体育平台入口此外，DNA甲基化的变化与受影响基德赢vwin体育平台入口因的一个子集的表达的增减相关。这些发现提供了关于EBV感染如何导致EBV相关癌症中常见的DNA甲基化变化的机制见解，并暗示了未来基于表观遗传学的治疗的潜力。德赢vwin体育平台入口
Birdwell CE等(2014)Epstein-Barr病毒感染永生角质形德赢vwin体育平台入口成细胞的表观遗传结果是全基因组DNA甲基化。J性研究。pii: JVI.00972-14。
Zymo Research公司的甲基- miniseq (expanded-RRBS)服务被用于研究紊乱的血流(d-flow)表观遗传如何调节内皮基因表达，并导致内皮细胞启动和维持斑块的发展，从而导致动脉粥样硬化。使用甲基- miniseq平台，研究人员发现，暴露于d-flow的颈动脉部分，CpG位点的高甲基化水平明显高于未暴露于d-flow的颈动脉部分。该方法还表明，用DNA甲基转移酶(DNMT)抑制剂5Aza治疗小鼠，可减少暴露于d-flow的内皮切片中高甲基化CpG位点的数量。这些结果表明DNMT是d-flow诱导内皮细胞全基因组DNA甲基化变化的机制。德赢vwin体育平台入口
Dunn J等(2014)血流依赖性表观遗传DNA甲基化调节内皮基因表达和动脉粥样硬化。德赢vwin体育平台入口中华临床杂志。124(7):3187-3199。doi: 10.1172 / JCI74792。
使用甲基- miniseq服务，研究作者调查了BCL6癌基因如何促进弥漫性大b细胞淋巴瘤(DLBCL)的发展。研究人员使用了一个小鼠模型，其中Bcl6的表达仅限于造血干细胞/祖细胞(HSPCs)，并发现Bcl6易使正在发育的b细胞发生恶性命运。通过甲基- miniseq服务生成的数据有助于识别HSPC基因组中表观遗传重编程的DNA甲基化模式。德赢vwin体育平台入口BCL6驱动肿瘤发展的“打了就跑”模型提出了一个可能的原因，即为什么某些治疗策略在某些淋巴瘤患者中失败，而在其他患者中没有，并为潜在的治疗发展提供了新的途径。
Green M, et . (2014) Bcl6的瞬时表达足以实现致癌功能和诱导成熟b细胞淋巴瘤。5:3904自然通讯。doi: 10.1038 / ncomms4904。
该研究的作者使用Zymo的甲基- miniseq服务来识别小鼠后代脑组织中全基因组DNA甲基化模式的变化，这些小鼠后代的饮食中叶酸浓度是低叶酸对照组的10倍。德赢vwin体育平台入口研究人员发现，两组幼鼠的DNA甲基化整体模式发生了显著变化。德赢vwin体育平台入口此外，该研究显示，在CpG岛、基因启动子、基因体和非编码区，CpG以及CHG和CHH上下文中，甲基化胞嘧啶水平在单碱基分辨率下发生了显著变化。在许多情况下，DNA甲基化变化与差异德赢vwin体育平台入口基因表达相关，定量实时PCR测定。研究结果表明，母亲补充叶酸可能深刻影响儿童的甲基化和发育模式，并对最近观察到的诸如自闭症谱系障碍等疾病的增加有重大影响。
Barua S等(2014)小鼠后代大脑甲基组的单碱基分辨率揭示了由妊娠叶酸引起的表观基因组修饰。表观遗传学染色质,7(1):3。doi: 10.1186 / 1756-8935-7-3。
的Methyl-MiniSeq®Zymo Research的服务被用于研究小鼠成神经管细胞瘤癌症模型中DNA甲基化的全基因组变化。德赢vwin体育平台入口作者检测到相对较少的癌症特异性区域表现出DNA高甲基化，这与之前在人类癌症中观察到的不同。研究人员接下来调查了其他类型人类癌症的小鼠模型的全基因组DNA甲基化模式，包括乳腺癌伯基特淋德赢vwin体育平台入口巴瘤。他们发现小鼠模型的甲基化模式与人类模型不同，这表明某些类型的癌症需要开发更好的动物模型，用于与癌症诊断和治疗相关的研究。
Diede SJ等(2013)人类癌症和基因工程小鼠癌症模型启动子CpG岛DNA高甲基化的基本差异。表观遗传学。8(12):1254 - 1260。
研究人员使用了Methyl-MiniSeq®Zymo Research研究儿童横纹肌肉瘤(RMS)肿瘤形成的机制。横纹肌肉瘤是一种儿童骨骼肌癌，由于肌肉细胞分化不完全而形成。MyoD是一种细胞因子，通常驱动正常骨骼肌细胞的分化，但在RMS细胞中不能这样做，即使它表达到正常水平。在这份报告中，作者使用了Methyl-MiniSeq®证明了负责肌肉分化的MyoD靶基因之一JDP2由于其启动子区域的DNA高甲基化而不表达，而这种表观遗传沉默可能导致横纹肌肉瘤细胞缺乏分化。
MacQuarrie KL等(2013)比较了正常人类肌原性细胞和横纹肌肉瘤中MyoD的全基因组结合，确定了肌原性转录因子的区域和局部抑制。分子细胞生物学33(4):773-84。
研究人员使用了Methyl-MiniSeq®来自Zymo Research的服务，旨在研究多发性骨髓瘤小鼠模型的DNA甲基化谱。德赢vwin体育平台入口与野生型对照相比，异位表达MafB癌基因的小鼠造血干/祖细胞经历了特定的表观遗传重编程，使激活的浆细胞易发生癌变。研究结果表明，在多发性骨髓瘤和相关血浆肿瘤细胞启动过程中，有一种新的mafb介导的“不干预”表观遗传分子机制，并为创新的靶向癌症治疗提供了见解。
Vicente-Dueñas C，等(2012)通过将MafB靶向于造血祖细胞揭示了一种参与多发性骨髓瘤发展的新分子机制。EMBO j . 31(18): 3704 - 17所示。
