生物医学研究人员的免费工具

VirSieve是一种生物信息学管道，旨在检测和鉴定来自废水等困难基质的病毒突变序列。该管道目前已针对SARS-COV-2进行了优化，但可以适用于许多其他病毒物种。VirSieve自动化对齐过程，底漆修剪（如果需要），变体调用和变体注释。VirSieve强调确定哪些突变更可能在生物学上存在，并且可以通过测序或分析工件来解释哪些突变或其他可能是虚假的。VirSieve围绕软件容器构建，并带有前构建参考数据，以确保运行之间以及不同实验室之间的一致性。

Zymo Research Transmit计划是一项免费的COVID-19-19S公共卫生数据报告计划，用于将COVID-19测试结果上传到加利福尼亚公共卫生部的Calredie数据库。该COVID-19公共卫生数据报告计划可以允许从简单报告中上传结果，并且可以代替复杂的LIMS修改，以符合加利福尼亚州的公共卫生报告要求。作为一种免费的开源软件，该COVID-19公共卫生数据报告计划既改进了加利福尼亚州的流行病学监测，又可以使该计划适应其他州报告系统。

从Zymo研究中了解更多有关其他解决方案的信息，包括FDA EUA授权SARS-COV-2工作流程和快速SARS-COV-2 RRT-PCR套件。

MIQ评分系统是一个易于扩展的系统，包含一个完全自动化的，容器化的微生物学管道，用于将观察到的读取丰度与来自标准化微生物群落的预期值进行比较，并具有已知的相对丰度和制造公差。该系统旨在以高度可复制的方式在不同的计算基础架构中以高度可再生的方式快速部署微生物组制备中的潜在偏见。

该程序反映了Zymo Research对Bisulfite底漆设计繁琐过程的简化。该程序将帮助您在尤其是CG富含CG的序列中设计引物，并为您提供跨越序列中不同区域的扩增子的多个选项。

Figaro是一种优化微生物组rRNA基因修剪参数的有效且客观的工具。Figaro将快速分析FASTQ文件目录中的错误率，以确定高分辨率有针对性微生物组测序管道的最佳修剪参数，例如利用DADA2和DEBLUR的管道。