EZ核小体DNA准备试剂盒
D5220
突出了
- 用于从哺乳动物和酵母细胞中分离核小体相关DNA。
- 非常适合用于核小体定位研究。
描述
| 适用于 | 所有敏感的下游应用，如qPCR和下一代测序。 |
|---|---|
| 处理体积 | ≤106细胞 |
| 纯度 | 典型A260/A280≥1.8 |
| 样本来源 | 从哺乳动物和酵母细胞中分离和纯化核小体相关DNA。 |
| 样品存储 | 洗脱后的DNA应保存在≤-20°C。 |
| 收益率 | 高达25微克的总DNA可洗脱到≥25 μ l。对于75 bp - 10 kb的DNA，回收率为70-90%。对于11kb - 23kb的DNA，回收率为50-70%。 |
Q1:酶对不同细胞类型的敏感性如何?
一旦细胞核被分离出来，不同细胞类型之间的酶敏感性应该是相似的。然而，有些细胞系会对细胞核预备缓冲液中的清洁剂更加敏感，从而导致细胞核的丢失。在分离细胞核之前，可以用dsDNase消解缓冲液将核准备缓冲液1:1稀释。
Q2:亚特兰蒂斯的dsnase和MNase有什么区别?
•亚特兰蒂斯dsDNase是一种双链DNA特异性内切酶，裂解DNA中的磷酸二酯键，产生具有5 ' -磷酸和3 ' -羟基末端的寡核苷酸。增加亚特兰蒂斯dsDNAse的孵育时间将提高效率并产生更多的单核小体DNA。
微球菌核酸酶(MNase)是一种单链和双链DNA和RNA内切酶。MNase对单链核酸更特异，但裂解倾向于富at和富au序列。与亚特兰蒂斯dsnase相比，MNase将导致更强劲的消化。增加与MNase的孵育时间将提高该酶的效率，并产生更多的单核小体DNA。
•酶的选择取决于所需的下游应用。
Q3:粘端碎片有5 ' vs. 3 '悬垂吗?不同端点的相对丰度是多少?
Atlantis dsDNAse产生随机端，即钝端和粘端DNA片段，悬垂没有特定的长度。
Q4:如果核小体DNA没有正常剪切，而大部分DNA仍然完好无损怎么办?
用PBS清洗胰蛋白酶化细胞球是非常关键的一步。细胞颗粒中残留的EDTA会降低亚特兰蒂斯dsDNAse和MNase的消化效率。•检查消化的细胞数量是否正确。(D5220试剂盒:1x106哺乳动物细胞)•如果你只想要单核小体DNA，而不是包含单核小体、二核小体、三核小体等的核小体阶梯DNA，你需要增加酶的浓度。根据我们的经验，每个Atlantis dsnase每百万单元需要使用>1U。
使用EZ核小体DNA Prep Kit对胚胎干细胞进行微球菌核酸酶消化，生成配对端文库进行测序。研究表明，在转录起始位点周围有异质性染色质组织，以及与表观遗传模式相关的独特核小体轮廓，可以识别多能性。
Yazdi PG等(2015)。人胚胎干细胞的核小体组织。PLoS ONE。10(8)。在进行染色质可及性实时PCR (CHART-PCR)之前，研究人员使用EZ核小体DNA Prep Kit从293FT细胞中分离核小体DNA，以研究非免疫细胞中存在TATA-box结合蛋白(TBP-TALE)和VP64-TALE激活物时IL-2启动子染色质结构。他们发现AD 'CF TALEs组合而不是空载体控制增加了IL-2启动子上的DNase I超敏性。
Anthony K等(2014)TBP-TALE和VP64-TALE激活子的协同作用激活沉默的细胞因子基因启动子。PLoS One. 2014年4月22日;9(4):e95790。研究人员使用Zymo Research公司的EZ核小体DNA Prep Kit从Hep3B细胞或SW13细胞中分离细胞核、消化染色质并纯化核小体DNA，这些细胞分别被转染空载体或表达WT BRG1或ATPase-dead BRG1的载体。纯化的核小体DNA用于SYBR Green-based qPCR，以确定CA9和LDHA启动子上的核小体定位。
Sena JA等人(2013)通过作为HIF靶基因子集的共激活子，BRG1和BRM染色质重塑复合物调节缺氧反应。摩尔细胞杂志。阅读更多
| 猫# | 的名字 | 大小 | 价格 | |
|---|---|---|---|---|
| D5220-3 | MN消化缓冲 | 50毫升 | 36.00美元 | |
| D5220-4 | 5X MN停止缓冲 | 6毫升 | 14.00美元 | |
| D5220-2 | 核准备缓冲 | 50毫升 | 36.00美元 | |
| D5220-1 | 微球菌的核酸酶 | 10 U / 100µl | 24.00美元 | |
| E2030 | 亚特兰蒂斯dsDNase | 12.5 u | 48.00美元 | |
| E2030-1 | 亚特兰蒂斯消化缓冲 | 50毫升 | 37.00美元 | |
| D4003-2-6 | DNA洗涤缓冲液(浓缩液) | 6毫升 | 10.00美元 | |
| D4003-1-25 | DNA结合缓冲区 | 25毫升 | 21.00美元 | |
| D3004-4-1 | DNA洗脱缓冲 | 1毫升 | 11.00美元 | |