Pico Methyl-Seq文库准备试剂盒
D5455 / d5456
Pico Methyl-Seq文库准备试剂盒
| 猫# | 的名字 | 大小 | 价格 | 数量 |
|---|---|---|---|---|
| D5455 | Pico Methyl-Seq文库准备试剂盒 | 10个家庭作业 | 680.00美元 |
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| D5456 | Pico Methyl-Seq文库准备试剂盒 | 25日家庭作业 | 1360美元 |
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文档
突出了
- 亚硫酸氢盐转化全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)文库制备全包试剂盒。
- 适应超低DNA输入和兼容FFPE样品。
- 简单，结扎和无胶的工作流程可以在几个小时内完成。
描述
| 设备 | 微型离心机,thermocycler |
|---|---|
| 输入 | 10pg - 100ng |
| 样本来源 | 该方案设计为10 pg - 100 ng基因组DNA输入。DNA应该不含酶抑制剂，可以悬浮在水、TE或低盐缓冲液中。在使用基因组DNA清洁浓缩器(D4010)处理之前，应先纯化260/280或260/230比率较低的DNA。 |
| 测序的兼容性 | 该工具包使用Illumina TruSeq适配器生成库，可以在任何Illumina测序平台上进行测序。 |
| 补充信息 |
Q1: cfDNA可以作为输入吗?
是的，我们已经使用Pico Methyl-Seq试剂盒成功地从cfDNA中制备了文库。
问题二:多重引物的组合有什么规则吗?
1.确保在前两个基地中存在多样性。Illumina建议选择不在位置上共享相同碱基的条形码。2.根据“是否可以为多路复用购买额外的索引引物?”第三节。Illumina推荐以下6个或更少样本的复用策略:2个样本池:•指数#6 GCCAAT•指数#12 CTTGTA 3个样本池:•指数#4 TGACCA•指数#6 GCCAAT•指数#12 CTTGTA 6个样本池:•指数#2 CGATGT•指数#4 TGACCA•指数#5 ACAGTG•指数#6 GCCAAT•指数#7 CAGATC•指数#12 CTTGTA
问:rhp 5-hmC文库准备试剂盒(D5451)中使用的引物是否与Pico Methyl-Seq文库试剂盒(D5455)中使用的引物相同?
是的，两种图书馆准备包中使用的索引引物是相同的。这两个试剂盒都使用了Illumina TruSeq小RNA文库准备试剂盒中的引物序列。
Q4:测序后的Pico Mehtyl-Seq库应该如何对齐?
我们建议在单次读取中对齐序列。
Q5:是单端读还是成对读?应该设置哪个读取长度?
我们通常用50 bp的读取对Pico Methyl-Seq库进行排序，因为试图对齐长于50 bp的读取会导致较低的对齐率。如果您仍然想在100bp或150bp读取时对库进行排序，我们建议将读取减少到50bp以对齐，或者每次顺序5-10 bp以查看在哪个点对齐上升。Pico Methyl-Seq生成的库是TruSeq库。索引条形码在协议中，可以在示例表中使用，以便上传到NextSeq上进行多路复用。
Q6:输入DNA的定量方法推荐是什么?(PicoGreen, SYBR或者qPCR)?
我们用量子比特或纳米滴来量化输入的DNA，但任何方法都可以。由于输入与周期的范围很广，对输入的估计就足够了。基于1 ng，我们建议运行10个循环放大。输入应该是无rna的DNA。
Q7:如果热循环机的盖子温度没有降到25℃怎么办?
我们建议将盖子温度设置为不高于40°C的PrepAmp反应(见第5页，第2节的步骤3)，因为它可能导致碎片化。
Q8:为什么库带模式看起来像DNA梯子?
使用更高比例的PrepAmp引物与DNA输入可以导致引物二聚体通过最终文库。为了帮助避免带纹:-尝试减少预放大器引物的量到20 nM(输入~10-50 ng)或10 nM(输入<10 ng)。-请评估您的样品类型和样品数量的最佳比例。比例取决于输入类型(gDNA，限制性酶消化，cfDNA等)。Pico Methyl-Seq库准备套件生成的库是定向的还是非定向的?用这个工具包准备的库是无方向性的，因此，原始顶部、原始底部和每个的互补链都将被表示出来。
Q9:我只使用了几百个细胞。我可以使用EZ DNA甲基化-直接德赢vwin体育平台入口试剂盒直接从细胞进行亚硫酸氢盐转化吗?
是的，EZ DNA甲基化德赢vwin体育平台入口-闪电试剂可以用EZ DNA甲基化-直接试剂盒(D5020)的试剂代替。
Q10:预放大器引物和LibraryAmp引物的顺序是什么?
这些引物的序列是专利的，但基于Illumina TruSeq适配器。为了修剪，我们的生物信息学团队使用了这个序列:GATCGGAAGAGC
| 猫# | 的名字 | 大小 | 价格 | |
|---|---|---|---|---|
| D4003-2-6 | DNA洗涤缓冲液(浓缩液) | 6毫升 | 10.00美元 | |
| D4003-1-25 | DNA结合缓冲液 | 25毫升 | 21.00美元 | |
| D5001-3 | M-Binding缓冲 | 20毫升 | 14.00美元 | |
| W1001-1 | DNase / RNase-Free水 | 1毫升 | 10.00美元 | |
| D3004-4-1 | DNA洗脱缓冲液 | 1毫升 | 11.00美元 | |
| C1001-50 | 集合管 | 50包 | 15.00美元 | |
| C1004-50 | Zymo-Spin IC柱 | 50包 | 53.00美元 | |
| D5030-1 | 闪电转换试剂 | 1.5毫升 | 23.00美元 | |
| D5030-5 | L-Desulphonation缓冲 | 10毫升 | 15.00美元 | |
| D5001-4 | M-Wash缓冲 | 6毫升 | 10.00美元 | |